Bu sezon ilk kez 28 Ocak'ta İzmir'de oynanan Kocaelispor maçında şans bulan 19 yaşındaki file bekçisi, 2-0'lık mağlubiyete engel olamadı. Deplasmanda oynanan Göztepe derbisine ilk 11'de çıkan Mustafa, 45+2'nci dakikada kalesinde gol görüp sakatlığı nedeniyle devre arasında oyundan alındı. Altay derbiyi 4-0 kaybetti. Son 2 haftada tecrübeli kaleci Ozan'ın hasta olması nedeniyle yeniden eldivenleri devralan Mustafa Çalışkan yine hayal kırıklığı yaşadı. İzmir'de siyah-beyazlıların Gençlerbirliği'ne 4-0 mağlup olduğu karşılaşmada 90 dakika oyunda kalan Mustafa, son olarak Sakaryaspor deplasmanında 2-0'lık yenilgiyi tattı. Ligde bu sezon 4 maçta 9 gol gören genç eldiven bu periyotta takım arkadaşları gol atamadığı için sevinç yaşayamadı. 2021'de profesyonel olan Mustafa'nın sözleşmesi sezon sonu bitecek.